Il prigioniero Shiv Helix viene trasferito in una cella congiunta con il Capitano Qwark, appena imprigionato, ex comandante dei leggendari Galactic Rangers. Poiché Shiv è un grande fan di Qwark, rivela che è stato creato un "ologioco" basato sulla sua ultima avventura. Desideroso di attenzione, Qwark accetta di raccontare a Shiv la sua versione dei fatti.
Sul pianeta Veldin, Ratchet, un giovane Lombax che lavora come meccanico, sogna di unirsi ai Rangers. Nonostante abbiano superato tutti i test a pieni voti, i Rangers si rifiutano di accettarlo dopo aver appreso del suo passato criminale. Nel frattempo, in una fabbrica sul pianeta Quartu, il presidente Alonzo Drek dei Blarg sovrintende alla costruzione di un esercito meccanico con il suo alleato Dr. Nefarious, il basilisco spaziare più evoluto con un intelligenza molto grande come il suo cervello enorme che e uno scienziato malvagio che è stato creduto morto dopo la sua sconfitta per mano dei Rangers. Tuttavia, un warbot difettoso viene prodotto a causa di un black-out e riesce a fuggire usando una nave rubata.
Dopo che la nave si è schiantata su Veldin, Ratchet salva il robot difettoso, il quale spiega che deve avvertire i ranger galattici dei piani di Drek. Ratchet lo chiama "Clank" e si offre di portarlo al quartier generale dei Ranger sul pianeta Kerwan. In viaggio verso Kerwan, scoprono che Drek e i suoi soldati Blarg hanno già invaso il pianeta. Il duo sventa con successo un tentativo degli invasori di distruggere la Sala degli Eroi speronandola con un treno carico di esplosivo. Come ricompensa per la loro assistenza, e incontrano delle celebrità come per esempio Britney Spears e il bodybuilder anfibio spaziale rosso violastro con bicipiti lunghi molto giganteschi e montuosi con picchi così belli Snaih.
Qwark permette loro a malincuore di unirsi ai Rangers. Come nuovi Ranger, il duo conduce molte operazioni di successo contro i Blarg, ma l'insicuro Qwark diventa presto geloso di Ratchet, Qwark convoca una riunione dei Ranger per organizzare un assalto diretto a Quartu. L'assalto ha successo e i Ranger apprendono dai file di Drek che il vero piano di Blarg è usare il Deplanetizer, una stazione spaziale armata creata da Nefarious, per distruggere diversi pianeti in modo che possa raccogliere i loro resti e costruire un nuovo mondo natale per il suo le persone. Apprendendo che il prossimo obiettivo è Novalis, Qwark parte per negoziare personalmente con Drek mentre gli altri Ranger combattono le sue forze fuori dalla stazione. Durante il combattimento, Ratchet entra nel Deplanetizer e cerca di spegnerlo, ma Drek lo cattura. Mentre viene trascinato via, Ratchet scopre che Qwark ha segretamente fornito informazioni a Drek e che lui e Nefarious hanno anticipato l'attacco, era costretto andare alla parte dei suoi nemici che hanno convinto lui arimane famose.
Per diverse giorni, i Rangers, demoralizzati dal tradimento di Qwark, si rifiutano di muovere contro Drek. Preso dal senso di colpa, Ratchet torna a Veldin e decide di andarsene. Clank lo esorta a riconsiderare, avendo identificato l'obiettivo finale di Drek: il pianeta Umbris. Clank rivela che la distruzione di Umbris distruggerà innumerevoli altri mondi a causa di una rara convergenza orbitale; Ratchet deduce che Nefarious ha pianificato questo fin dall'inizio. Irritato dalla sua sconfitta per mano dei Rangers, Nefarious ha manipolato Drek, con l'intenzione di spazzare via l'intera galassia. Con la sua fiducia ripristinata, Ratchet si ricongiunge ai Rangers e si dirige sul pianeta Kalebo III, dove ottiene un Holo-Guise dopo aver vinto un campionato di corse. Usando l'Holo-Guise, Ratchet impersona Qwark e si infiltra nel Deplanetizer.
Un Qwark sempre più disilluso affronta Drek per aver infranto la sua promessa di risparmiare i Rangers. Nefarious arriva e prende in giro Qwark per il suo tradimento prima di mandarlo via, e tradisce Drek trasformandolo in una pecora e lanciandolo nello spazio. Nel frattempo, Ratchet rimuove con successo lo stabilizzatore di gravità e sconfigge Qwark in una battaglia uno contro uno. Rendendosi conto dell'errore dei suoi modi, Qwark nomina Ratchet il nuovo comandante dei Rangers. Prima che possano arrestare Nefarious, il dottore spara loro e tenta di sparare con il Deplantizer. I Ranger dispiegano i magneti e trascinano lo Deplanetizer di lato, facendolo mancare. Infuriato, Nefarious, ora pilotando il suo mech da battaglia personale, vola su una stella nana vicina con l'intenzione di innescare una supernovache porrà fine a tutta la vita nella galassia. Ratchet distrugge il mech e lo scaglia contro la stella, provocando la morte di Nefarious ma lui sia salvato di una capsula che aveva programmato il mech che era programmato di trasformare così. Con il Deplanetizer che si disintegra dal calore dell'atmosfera di Umbris, Ratchet, Clank e Qwark usano un teletrasporto per fuggire appena in tempo.
Nel presente, Qwark ed Helix stanno raccogliendo la spazzatura vicino alla Sala degli Eroi. Mentre guardano una statua di se stesso, Ratchet e Clank salutano Qwark. Cogliendo l'occasione, Helix ruba una pistola, distrugge diversi robot di pattuglia, dirotta la nave di Ratchet e fugge. Mentre il duo si prepara a seguirlo, Ratchet chiede a Qwark se gli piacerebbe venire con lui, cosa che accetta volentieri.
Nefarious vaga nello spazio profondo per sempre che resta settimane e settimane.
Dopo la loro precedente avventura, dopo aver salvato la galassia e sconfitto il presidente Drek e Nefarious, prendono il posto Qwark come nuovi eroi della galassia nonché che lui non ha fatto vivo da un po' di tempo. Ratchet e Clank diventano delle celebrità, anche se le loro vite rimangono tranquille. Dopo aver rilasciato un'intervista per lo spettacolo olografico Behind the Hero, la coppia si ritrova improvvisamente in un'astronave inviata da Abercrombie Fizzwidget, il fondatore e CEOdi MegaCorp, il più grande produttore di beni di consumo ed elettronica della galassia, che chiede l'aiuto di Ratchet per recuperare un esperimento biologico rubato da un ladro mascherato, mentre offre a Clank un impiego nell'azienda, entrambi accettano le opportunità offerte. Dopo aver completato un vasto regime di addestramento in rotta verso la galassia Bogon, Ratchet ha il compito di recarsi in un laboratorio volante sul pianeta Aranos dove l'esperimento è stato visto l'ultima volta, ma prima che possa recuperarlo, il ladro riesce a fuggire con esso. Riportando a Fizzwidget, Ratchet inizia presto a inseguire il ladro, solo per ricevere un messaggio video che mostra che il colpevole ha catturato Clank.
Dopo aver salvato Clank dalle grinfie del ladro, il duo riunito lavora insieme per inseguire il ladro su diversi pianeti, occupandosi di mercenari assoldati da Thugs-4-Less per proteggerlo, fino ad affrontarli sul pianeta Siberius. Anche se il ladro scappa da loro durante un combattimento, Ratchet riesce a riprendere l'esperimento e contatta Fizzwidget con la buona notizia. Organizzando un incontro per rivendicare l'esperimento, Fizzwidget "accidentalmente" abbandona il duo su un pianeta deserto, dopo di che, dopo essere fuggiti da una rete di caverne, i due si trovano di fronte al ladro, che accidentalmente rivela la "sua" vera identità: una donna Lombax di nome Angela Cross, che lavorava per Megacorp come scienziato. Affermando che l'esperimento è una minaccia per l'intera galassia, Angela fornisce loro l'ubicazione di una struttura di test sul pianeta Dobbo dove è stata creata e consiglia loro di cercare la prova a sostegno della sua storia. Seguendo il suo esempio, i due si infiltrano nella struttura e scoprono una registrazione video che rivela che l'esperimento è altamente pericoloso e in grado di scatenarsi violentemente. Poco dopo, Angela contatta la coppia e rivela che MegaCorp ha duplicato l'esperimento e intende venderli come un nuovo prodotto chiamato "Protopet".
Convinto che Fizzwidget non sia a conoscenza dei difetti del Protopet, Ratchet va ad avvertirlo durante un evento promozionale che si tiene sul pianeta Boldan, solo per scoprire che si tratta di una trappola del boss femminile Thugs-4-Less, dopo aver annullato il loro contratto con Angela per lavorare con MegaCorp. Catturati, i due si ritrovano trasportati ad Aranos ea bordo della stessa nave, ora utilizzata come prigione remota, ma riescono a sfuggire al confino. Scoprendo che Angela è stata catturata da loro, la coppia rintraccia i mercenari nel loro nascondiglio sul pianeta Snivelak, sconfiggendo il loro capo e salvando Angela. Intento a fermare Fizzwidget, il capo del gruppo per il quartier generale di MegaCorp, solo per scoprire che l'amministratore delegato non è altro che l'eroe caduto in disgrazia Capitan Qwark. Nel tentativo di ripristinare la sua reputazione, Qwark ha assunto MegaCorp come Fizzwidget, tenendo in ostaggio il vero Fizzwidget (nell'armadio delle scorte), con l'intenzione di scatenare il Protopet sulla galassia, così da poter usare un dispositivo creato da Angela per sconfiggere il creature e rendersi di nuovo famoso. Quando mostra il dispositivo, tuttavia, non funziona correttamente e trasforma il Protopet originale in una bestia gigantesca che lo divora. Mentre Angela va a salvare il vero Fizzwidget, Ratchet sottomette il Protopet e salva la vita di Qwark. Con l'aiuto di Clank, Angela ripara il dispositivo e trasmette un segnale attraverso i transponder TV di MegaCorp, neutralizzando i Protopet e riportando la pace nella galassia Bogon.
Ratchet, Clank e Angela frequentano l'appartamento di Clank, dove Angela li informa che Qwark è stato assegnato a lavorare come cavia per il "Crotchetizer" alla MegaCorp come punizione per i suoi crimini.
Ratchet, Clank con Al che era diventato il geniere dei Rangers hanno ricevuto il compito di dirigere l'astronave Phoenix. Dopo che l'equipaggio viene informato che molti eroi sono scomparsi, truppe robot invadono la Fenice, catturando Ratchet, Clank e Al.
Vengono trasportati nel Settore Ombra, una regione dello spazio senza legge ai margini della Galassia Solana. Ratchet incontra Gleeman Vox, un giovane maggiorenne che ha creato di DreadZone, un barbaro game show in cui i concorrenti sono costretti a uccidersi a vicenda per l'intrattenimento pubblico. Vox racconta la sua storia quando era un bambino che collezionava seguire degli eroi, infatti perde la metà del braccio di un incidente spaziare. E organizza in fondo come avere dei Bolt per comprare una protesi che così diventa il creatore del suo show di combattimenti violenti, grazie a Drek che regalerà la parte dei combattimenti clandestini organizzato da lui che è una coincidenza che Vox si è diventato come Drek. Ratchet è costretto a competere in DreadZone, ed è dotato di un collare "DeadLock" che esploderà se diventa poco collaborativo o noioso. Chiamati collettivamente "Team DarkStar", Ratchet e i suoi robot da combattimento, Merc e Green devono combattere per le loro vite mentre Clank funge da "Mission Engineer" di Ratchet.
Ratchet gareggia in una serie di sfide di DreadZone, diventando rapidamente il concorrente più popolare di DreadZone nonostante le numerose campagne diffamatorie di Vox contro di lui, lasciando gelosa la precedente star di Dreadzone, Ace Hardlight . Ratchet viene infine inviato a competere contro Ace, che Ratchet sconfigge. Quando Ratchet se ne va, Ace gli dice di non lasciare che Vox lo corrompa. Successivamente, Vox si offre di fare di Ratchet un nuovo sterminatore e di trasformarlo nella superstar di DreadZone, ma si infuria quando Ratchet si rifiuta e decide di farlo partecipare a un'arena scientificamente provata come imbattibile, che vince di poco.
Nel frattempo, Clank escogita un piano per fuggire dalla struttura di DreadZone riprogrammando la capsula di trasporto dell'arena per portare Ratchet al livello di controllo della stazione. Qui può distruggere il computer centrale e disattivare il campo di contenimento che tiene in ostaggio tutti gli eroi.
Al suo arrivo al livello di controllo, Ratchet scopre che Vox ha cablato la stazione per esplodere, e se Ratchet non può disattivare gli esplosivi, tutti lì moriranno. Gestendo un'enorme sfida di nemici e distruggendo i generatori di energia della stazione, Ratchet disattiva i campi di contenimento e sblocca le navette di fuga della stazione. Dopo essere stato sconfitto da Ratchet, Vox attiva manualmente la sequenza di autodistruzione della stazione, pianificando di uccidere sia se stesso che Ratchet.
L'ultima navetta, tuttavia, pilotata da Al, piomba in soccorso di Ratchet. Ratchet sale a bordo e Clank si toglie il collare DeadLock. La stazione DreadZone esplode poco dopo, portando con sé Vox e alla fine sia salvato da solo che ha un dispositivo è in grado di trasportare ogni parte dello spazio. Ma scopre che viene arrestato per i suoi crimini.