Nel 1987 di Monsteropolis in USA, i robot sviluppati per sostenere le vite organiche sono all'ordine del giorno grazie agli sforzi del famoso genio straniero di robot Dr. Cain. Oggi nel 2022, i robot sono evoluti dalla vita genetica che ironicamente hanno dei mestieri di normale essere vita organico, anche le forze militari di tutto il mondo intero. I robot perdono il controllo e iniziano ad attaccare le persone, tra cui sei robot avanzati creati dallo scienziato di colore Dr. Light Manzens per scopi industriali. Conosciuti come i "Robot Masters", sono costituiti da Cut Man, Guts Man, Ice Man, Bomb Man, Fire Man ed Elec Man.
La famiglia Manzens è composto da lui il suo figlio di 18 anni Hev e nipote di 14 anni Wily: Hev è Wily sono cugini di famiglia diverse di un altro, Hev è un ragazzo muscoloso e futuro bodybuilder e suo cugino Wily è intelligente quanto suo zio di creare di un robot per fare le sue cose. Finché un giorno decide di testare il progetto segreto del suo zio: il Megabyte Mega, una specie di cosa genetica che ingresso di trasformare chiunque di un robot. Per errore suo aveva toccato un Megabyte Mega difettoso che fa diventa una specie umanoide robotico e muscoloso, con una mano appoggiata prende il controllo dei Robot Masters che era un segno di pericolo.
Hev saluta la sua amica Roll Caskett che era candidata come presidentessa del liceo e diventare anche preside per un giorno, incontra il suo vecchio rivale nelle gare di bodybuilding minori Bass con sua ragazza. Gli dice che avevo usato i soldi di suo padre miliardario per comprare l'invenzione muscolare del Dr. Cain collegata alla schiena con tubi attaccarti sui bicipiti, questo i permette di gonfiare i suoi bicipiti diventando molto enormi come si è lavorato duramente. Bass dice a Hev che questa invenzione era diversamente per di un maggiorenne, ma Bass aveva la stessa età di Hev che ironicamente sono adolescenti diversi. Bass da una sfida di bodybuilding a Hev per dimostrare l'invenzione muscolare può battere i muscoli normali, la sfida comincia Hev mostrando ogni posa muscolare che Bass concludi mostrando suoi bicipiti mega enormi vincendo. Finché una esplosione venuto al cortile del liceo che era stato Bomb Man, il preside chiama la polizia ma non fermano Bomb Man che tirava delle bombe che distruggono le finestre della scuola.
Il Dr. Light viene incolpato che uni dei suoi robot aveva distrutto quasi mezzo a scuola è i suoi Robot Masters vengono sequestrati dalle autorità di Monsteropolis. Il Dr. Light vede il colpevole di questo attacco che era suo nipote Wily, ma non era più di lui che era diventato un diabolico di nome Dr. Megawilysh. Hev era scioccato che suo cugino era diventato un essere spietato di conquistare il mondo ai suoi piedi, cercava di fermare ma suo cugino era diventato troppo forte che se ne va. Suo padre e il suo robot aiutante, Rock, avendo un forte senso della giustizia creando creando un Megabyte Mega per fermare i piani del Dr. Megawilysh. Hev trova usare il Megabyte Mega che diventa un robot più muscoloso è soprannominato Mega Man.
Affronta i sei Robot Master per cominciare da Bomb Man che viene sconfitto per primo, Mega Man recupera il nucleo centrale di Bomb Man che assume la sua abilità. Affronta Cut Man e Guts Man, sconfigge Cut Man per avere la sua abilità per poi sconfiggere Guts Man per prendere la sua abilità. E a frutta gli ultimi Robot Master, Ice Man, Fire Man è Elec Man. Affronta per primo Fire Man che tenta di bruciare il parco naturale di Monsteropolis, ma Mega Man gli inpedissce di bruciare e viene sconfitto. Ice Man congela la piscina pubblica per rendere una sala da pattinaggio, però era arrivato Mega Man usando l'abilità di Fire Man per sciogliere il ghiaccio e sconfigge Ice Man. Ultimo e Elec Man che ha frutta usando l'abilità di Ice Man sconfiggendo, Mega Man usa le abilità Elec Man per raggiungere il covo del Dr. Megawilysh.
affronta il Dr. Megawilysh nella sua fabbrica di robot nel Pacifico, dove sta fabbricando copie dei robot di Light. Dopo aver sconfitto le repliche dei Robot Master, così come diversi robot progettati appositamente da Dr. Megawilysh per sconfiggerlo, Mega Man affronta Dr. Megawilysh in una resa dei conti finale e lo sconfigge. Mega Man cerca di fare ritornare su cugino Wily che era prima, ma era troppo tardi che era diventato ho mai Dr. Megawilysh che se ne va per ritornare con un nuovo paio di robot.
Dopo la sua sconfitta iniziale, il Dr. Megawilysh crea il proprio set di Robot Masters nel tentativo di contrastare Mega Man: Metal Man, Air Woman, Bubble Man, Quick Man, Crash Man, Flash Man, Heat Man, e l'uomo di legno. Costruisce anche una nuova fortezza e un esercito di sgherri robotici, con la capacità di spirare sott'acqua e volare con i propulsori di energia.
Nella settimana dopo, Hev era sul pensiero che di quella volta che suo cugino era diventato un essere robotico con una personalità perfida di conquistare il mondo. Quando esce dalla scuola sente un'ondata di vento proveniente da Air Woman, Hev si trasforma i Mega Man che sconfigge Air Woman è preso le sue abilità. E viene quindi inviato dal suo padre, il Dr. Light, per sconfiggere il Dr. Megawilysh e i suoi Robot Master. Mega Man sconfigge tutti gli nuovi Robot Master usando le loro abilita per poi sfida lo stesso Megawilysh. Durante il combattimento finale, il Dr. Megawilysh fugge nelle caverne sotto la sua fortezza e quando Mega Man lo segue, tenta di indurre Mega Man a pensare che sia un alieno spaziale, ma Mega Man sconfigge l'alieno rivelando che è un olograficodispositivo di proiezione malfunzionante che mostra il Dr. Megawilysh ai comandi. Dopo che il robotico genio del male si arrende di pietà, Mega Man risparmia Megawilysh e torna a casa.
Il genio del male Dr. Megawilysh, dopo aver fallito due volte i piani per il dominio del mondo, scopre di un progetto che i A.U.I hanno creato un Megabyte Mega per il mantenimento della pace chiamato "Gamma". Dal nome di un cristallo conosciuto come energia originare dei Megabyte Mega. Invia i suoi nuovi Robot Master incaricati di una serie di "mondi minerari", Magnet Man, Hard Man, Top Man, Shadow Man, Spark Man, Snake Man e Gemini Man. Tuttavia, impazziscono e scappano con gli otto cristalli di potere di Gamma.
Hev viene chiamato in azione diventano Mega Man, questa volta con un compagno canino di nome Rush, per recuperare i cristalli dai siti. Durante la sua missione, incontra e combatte continuamente con Break Man, un folle vendicativo A.U.M tartaruga marina mascherato con bicipiti giganteschi che ha abilità paragonabili a quelle di Mega Man. Dopo che Mega Man ha distrutto gli otto Robot Master, rivisita quattro dei siti minerari per affrontare otto "Doc Robot", che possiedono le abilità dei Robot Master della precedente categoria. Le categorie dei Robot Master sono diverse che dalla prima della seconda ovvero questa è la terza categoria. Una volta recuperati i cristalli, Megawilysh ruba Gamma e si ritira nella sua seconda nuova fortezza. Per fermare il nuovo piano di Megawilysh per conquistare il mondo, Mega Man distrugge Gamma e sconfigge Megawilysh in uno scontro finale. Quando la fortezza inizia a sgretolarsi, Break Man appare in tempo per salvare Mega Man, ma è troppo tardi per salvare Megawilysh, che viene visto essere schiacciato sotto le macerie.
Quando Mega Man riprende conoscenza nel laboratorio di Skyath un A.I.U serpente giovani di 19 anni che era costretto ha lavorare un progetto di un'armata di robot, informa che Break Man era in realtà il primo di diventare robot soprannominato Proto Man: Il suo vero nome è Pōhaku Mineralao, il suo sogno e di essere un vero robot che fu realizzato di essere portata alla laboratorio del Dr. Light. Ma sportivamente il Megabyte Mega era affatto di Gamma difettoso che e diventato pieno di follia, però era rimasto un robot dalla sua infanzia. Si è pompato molto i bicipiti per scaricare la follia allenando rendendo stanco, ecco come i suoi bicipiti sono così grossi e gonfi di pompaggio muscolare. Oggi 27 anni che era ora un maggiorenne con problemi psicologici è peggiorato quando aveva saputo alla esistenza di Megaman, ha la possibilità di costruire ogni tipo di robot persino la sua folli creazioni detto come il Demonio: una creatura robotica di una roba biologica che ha la capacità di attaccare uscendo una parte di se stesso, la creazione più forte di ogni senso mai visto di ogni essere vivente. Proto Man fa scatenare la sua creazione di distruggere Megaman, il Demonio è molto resistente ma sfortunatamente ha un punto debole l'occhio che finisce distrutto che rimaneva il suo occhio. Proto Man affronta Megaman per l'ultima volta per poi essere sconfitto, Megaman vada ha casa per salutare Skyath. Skyath si pensava che deve aiutare Proto Man piuttosto di servire come in servo che costruisce un esercito di robot, Proto Man non rinuncia il suo esercito personale di una vendetta conservata per molto tempo. E chissà un giorno quando arriverà tra presto o molto presto e altro, arriverà un anticipo o un ritardo questo è il problema.
Un misterioso scienziato di nome Dr. Cossack scatena un esercito di robot con l'intenzione di dominare il mondo, proprio come il Dr. Megawilysh prima di lui. Il Dr. Light fa appello al suo figlio, Hev che diventa Mega Man, per inseguire i Robot Masters cosacchi, che hanno preso il controllo di otto città dei USA. Però con difficoltà del esercito di robot personali di Proto Man, che si è alleato con Megawilysh per aiutare a costruire degli altri robot nel suo esercito personale.
Dopo aver sconfitto gli otto Robot Master di Dr. Cossack - Toad Man, Bright Man, Pharaoh Man, Ring Man, Dust Man, Skull Man, Dive Man e Drill Man - Mega Man si dirige verso la fortezza ghiacciata dei cosacchi. Tuttavia, nel bel mezzo della sua battaglia con Cossack, Proto Man si teletrasporta con la figlia di Cossack, Kalinka. La ragazza implora Mega Man di smettere di combattere suo padre e spiega che il Dr. Megawilysh l'ha rapita e ha costretto suo padre a costruire un esercito di robot. Con il piano di Megawilysh annullato da Proto Man, esce dall'ombra. Mega Man insegue la sua nemesi e combatte nel castello di Megawilysh, ma Megawilysh riesce a fuggire alla fine. Mega Man fugge mentre la fortezza inizia ad autodistruggersi e torna a casa in cima a un treno che passa, dove viene accolto da Roll e Rush.
Quando il potente genio del male Dr. Megawilysh tentò ancora una volta di conquistare il mondo. Proto Man, guida un esercito di robot in una serie di attacchi distruttivi al mondo. Proto Man dimostra dagli occhi di Dr. Light che un A.U.M può essere non solo muscoloso, ma intelligente nel modo di un grande capo alfa. Mega Man si chiede perché Proto Man stia facendo questo, ma con poca scelta rimasta, si propone di fermarlo, assistito da Beat, un uccello robot regalatogli dal Dr. Cosacco.
Mega Man prevale su un nuovo gruppo di otto robot femminili più potenti dei maschi " Robot Teachers " che lavorano sotto Proto Man: Star Woman, Gravity Woman, Gyro Woman, Stone Woman, Crystal Woman, Charge Woman, Napalm Woman e Wave Woman. Mega Man poi si dirige verso la fortezza di Proto Man e affronta ancora il Demonio, che quasi distrugge il protagonista nel processo. Tuttavia, un secondo Proto Man arriva appena in tempo, rivelando il primo come Dark Woman, uno dei nuovi robot del Dr. Megawilysh. Mega Man sconfigge la impostora, poi insegue Megawilysh nel suo nuovo nascondiglio, lo sconfigge e salva il Dr. Light. Tuttavia, la fortezza inizia a crollare, e mentre Mega Man è distratto dal reggere il soffitto per schiacciare se stesso e il Dr. Light, Megawilysh riesce a ritirarsi. Subito dopo la fuga di Megawilysh, si sente un fischio familiare e parte del soffitto viene fatta saltare in aria, permettendo anche a Mega Man e al Dr. Light di fuggire. Mentre i due guardano il castello crollare da lontano, il loro misterioso salvatore si rivela essere Proto Man, che scivola via inosservato. Proto Man avevo capito che deve curare la sua follia piuttosto di restare così come un pazzo vendicativo, ha scelto di ritornare una vita normale e la pace intera.
Per contrastare i ripetuti attacchi del Dr. Megawilysh, è stata costituita la Global Robot Alliance e un anno dopo si tiene il "Primo torneo annuale di robot" per determinare il robot per il mantenimento della pace più forte del mondo. Il torneo è ospitato da un uomo conosciuto solo come "Mr. X", il leader della misteriosa "X Foundation" e molti potenti robot partecipano. Dr. Light, un pacifista, decide di non partecipare alla competizione, ma invia suo figlio Hev che diventa ancora una volta Mega Man per supervisionarlo. Prima che l'evento possa iniziare, tuttavia, Mr. X annuncia di aver riprogrammato otto dei più forti concorrenti per eseguire i suoi ordini nel conquistare il mondo: Blizzard Man, Centaur Man, Flame Women, Knight Man, Plant Man, Tomahawk Man, Wind Woman, e Yamato Man, e dice a Mega Man che ha manipolato il Dr. Megawilysh dall'inizio. In seguito a ciò, Mega Man e Rush decisero di porre fine al piano di Mr. X. Mega Man distrugge gli otto Robot Master, quindi si dirige verso la fortezza di Mr. X. Il cattivo viene sconfitto e si rivela rapidamente nientemeno che un travestito Dr. Megawilysh. Il genio del male fugge in una nuova roccaforte della fortezza dove Mega Man lo insegue e lo sconfigge di nuovo. Alla fine si conclude con il Dr. Megawilysh finalmente assicurato alla giustizia e mandato in prigione.
È di un giorno a scuola, Hev ripensa tutti eventi che aveva salvato il mondo più delle volte che alla fine questa volta ha salvato il mondo per l'ultima volta. Ma un colpo di scena che Bass aveva esagerato molto invenzione del Dr. Cain che si esploso quasi alla maggior parte dalla massa dei bicipiti, come una specie di frattura delle ossa ma è una frattura muscolare. Viene ricoverato in ospedale che cercano aggiustare i suoi bicipiti scolpiti distrutti di una gonfiatura di troppo, senza offesa per la testa di cavolo di Bass. Ma pure non si fida di un senso di vista che deve essere attento le conseguenze, specialmente quelle che capiterà in futuro è molto presto non lontano. Suo padre fa in visita per regalare un Megabyte Mega con un simbolo della loro famiglia persiana, Bass diventa un robot con capacità molto simili a quelle di Mega Man. E suo lupo robotico Treble, era venuto a fare visita al suo padroncino Bass.